INVESTIGADORES   DEL   CNIO   GENERAN   NUEVAS   BASES   DE   DATOS  PARA  LA  COMPRENSIÓN  DEL  GENOMA  HUMANO     • El   CNIO   pone   a   disposición   pública   dos   nuevas   bases   de   datos,   APPRIS  y  ChiTaRS,  que  recogen  miles  de  variantes  genómicas  para  el   estudio  de  enfermedades  humanas     • La  base  de  datos  APPRIS  recoge  por  primera  vez,  a  gran  escala,  las   principales   variantes   funcionales   del   genoma   humano,   y   servirá   para   estudiar   de   forma   dirigida   el   papel   de   mutaciones   específicas   en  enfermedad     • La   base   de   datos   ChiTaRS   comprende   un   extenso   catálogo   de   más   de   16.000   moléculas   intermediarias   del   genoma,   con   el   que   poder   estudiar   su   evolución   y   su   relación   con   enfermedades   como   el   cáncer       • Ambas  bases  de  datos  se  publican  en  varios  números  recientes  de  la   revista  especializada  Nucleic  Acid  Research       Madrid,   17   de   diciembre,   2012.   Científicos   del   Grupo   de   Biología   Computacional   Estructural   del   Centro   Nacional   de   Investigaciones   Oncológicas   (CNIO),   dirigidos   por   Alfonso   Valencia,   en   colaboración   con   investigadores   franceses   y   estadounidenses,   publican   dos   artículos   en   varios   números   recientes   de   la   revista   Nucleic   Acid   Research   (NAR),   donde   se   recogen   dos   nuevas   bases   de   datos   para   el   estudio   del   genoma   humano.       Los  seres  vivos  eucariotas  son  capaces  de  generar  varias  proteínas  a  partir   de   la   información   contenida   en   un   solo   gen.   Esta   particularidad   es,   en   parte,   gracias   al   proceso   de   splicing   alternativo,   que   empalma   de   forma  

selectiva   unos   exones   (regiones   de   los   genes   que   producen   proteínas),   y   no  otros,  para  producir  las  proteínas  necesarias  en  cada  momento.     Los   trabajos   publicados   por   Valencia   estudian   esta   transferencia   de   información,  contenida  en  las  moléculas  intermediarias  entre  los  genes  y   las  proteínas  –  los  ARNs-­‐,    y  que  servirán  para  la  comprensión  del  genoma,   su  funcionamiento,  y  el  papel  de  algunas  de  sus  variantes  en  el  origen  de   enfermedades  humanas  como  el  cáncer.       Un   claro   ejemplo   de   la   relación   entre   ARNs   y   enfermedad   es   el   de   la   leucemia  linfática  crónica,  en  la  que  investigadores  del  Consorcio  Español   de  la  Leucemia  Linfática  Crónica  (CLL-­‐ICGC),  del  que  el  equipo  de  Valencia   forma   parte,   han   observado   una   acumulación   de   mutaciones   en   los   genes   responsables  del  proceso  de  splicing.  Estas  observaciones  apuntan  a  que   alteraciones  en  estos  mecanismos  pueden  ser  el  origen  de  la  enfermedad.       COMPILACIÓN  DE  DATOS  FUNCIONALES     Uno  de  los  artículos  publicados  en  NAR  pone  a  disposición  pública  la  base   de   datos   APPRIS   (http://appris.bioinfo.cnio.es),   que   recoge   un   sistema   integrado   de   cómputo   que   identifica   aquellas   variantes   de   proteínas   procedentes  del  splicing  alternativo  más  relevantes  para  las  células.       Esta   nueva   base   de   datos   ha   anotado   variantes   funcionales   del   85%   del   genoma  humano,  lo  que  “la  convierte  en  una  poderosa  herramienta  para   el   análisis   de   mutaciones   específicas   en   variantes   proteicas   relacionadas   con  enfermedad”,  afirma  Michael  Tress,  responsable  del  trabajo.     El   sistema   APRIS   forma   parte   del   proyecto   internacional   ENCODE,   en   el   que   han   participado   más   de   400   científicos   procedentes   de   32   laboratorios  del   del  Reino  Unido,  Estados  Unidos,  Singapur,  Japón,  Suiza  y   España.       UN  CATÁLOGO  DE  MÁS  DE  16.000  QUIMERAS       El  proceso  de  splicing  o  empalme  de  exones  adquiere  mayor  complejidad   con   los   ARNs   quiméricos,   que   resultan   del   empalme   de   exones   procedentes   de   genes   distintos.   El   segundo   trabajo   publicado   en   NAR   recoge   la   base   de   datos   ChiTaRS,   donde   se   anotan   más   de   16.000   ARNs  

quiméricos   procedentes   de   humanos,   ratones   y   la   mosca   de   la   fruta   Drosophila  melanogaster.       Además,   ChiTaRS   relaciona   algunos   de   estos   ARNs   quiméricos   con   alteraciones  en  los  cromosomas,  presentes  en  distintos  tipos  de  cáncer.     Las  anotaciones  recogidas  en  ChiTaRS  se  incorporarán  al  sistema  universal   de  datos  UniProt  Knowledgebase  (UniProtKB),  que  comprende  un  amplio   catálogo   de   información   sobre   proteínas   procedentes   de   laboratorios   de   todo  el  mundo.       “Los   ARNs   y   las   proteínas   quiméricas   se   han   convertido   en   los   últimos   años  en  un  potente  foco  de  atracción,  ya  que  pueden  servir  como  nuevos   marcadores  de  cáncer,  así  como  de  posibles  dianas  para  la  generación  de   nuevos   fármacos”,   declara   Milana   Frenkel-­‐Morgenstern,   primera   autora   del  trabajo.  Este  nuevo  catálogo  también  ayudará  a  la  comprensión  de  la   evolución   de   los   ARNs   quiméricos   en   eucariotas   y   sus   funciones   en   los   organismos.         Artículos  de  referencia:   APPRIS:   annotation   of   principal   and   alternative   splice   isoforms.   Jose   Manuel   Rodriguez,   Paolo   Maietta,   Iakes   Ezkurdia,   Alessandro   Pietrelli,   Jan-­‐Jaap   Wesselink,   Gonzalo   Lopez,   Alfonso   Valencia,   Michael   L.   Tress.   doi:10.1093/nar/gks1058     ChiTaRS:   a   database   of   human,   mouse   and   fruit   fly   chimeric   transcripts   and   RNA-­‐sequencing   data.   Milana   Frenkel-­‐Morgenstern,   Alessandro   Gorohovski,   Vincent   Lacroix,   Mark   Rogers,   Kristina   Ibanez,   Cesar   Boullosa,   Eduardo   Andres   Leon,   Asa   Ben-­‐Hur,   Alfonso   Valencia.   doi:10.1093/nar/gks1041                   Más  información:  [email protected]