Omixon Holotype HLA CE Limitaciones conocidas del producto Version 1 Published on 09/22/2017
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1 Revisión e historial de cambios Versión
Resumen de cambios
v1
Limitaciones algorítmicas recogidas. Se combinó el documento con el documento de limitaciones específicas de Holotype HLA.
2 Ambigüedades específicas de Holotype HLA TABLA 1: Ambigüedades de segundo y tercer campo Alelos ambiguos
Efecto en la expresión
Causa de la ambigüedad (ubicación genómica, pos. de IMGT)
Diferencia a nivel del segundo campo
DPB1*107:01
DPB1*13:01:0 1
NO
SNP A/G (exón 1, pos 24) SNP C/T (exón 1, pos 47)
SÍ
DQB1*06:01: 01
DQB1*06:01:1 51
NO
SNP A/G(exón 1,pos 66)
NO
DRB1*12:01: 01
DRB1*12:10
NO
SNP A/G(exón 1,pos 40)
SÍ
Directrices para información/informe: indicar como ambiguo 1 La ambigüedad se resuelve con el uso los primers del grupo 1 de DQB1.
TABLA 2: Ambigüedades relacionadas con la expresión (alelos de expresión nula o baja) Alelos ambiguos
Efecto en la expresión
Causa de la ambigüedad (ubicación genómica, pos. de IMGT)
Diferencia a nivel del segundo campo
A*02:01:01:01
A*02:01:01:0 2L
SÍ
SNP C/T (5'UTR, pos-101)
NO
B*39:01:01:01
B*39:01:01:0 2L
SÍ
INS TC (UTR 1, pos -151) SNP T/C (intrón 5, pos 2407)
NO
DRB4*01:01:01: 01
DRB4*03:01 N
SÍ
DEL de EXÓN 2 completo, sin diferencias de SNP en el exón 3 y sin secuencias conocidas en otras regiones de DRB4*03:01N
SÍ
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DRB4*02:01N
DRB4*03:01 N
NO
DEL de EXÓN 2 completo, sin diferencias de SNP en el exón 3 y sin secuencias conocidas en otras regiones de DRB4*03:01N
SÍ
Directrices para información/informe: Los alelos de expresión baja se presentam como resultados en el segundo campo.
TABLA 3: Ambigüedades cis/trans (específicas de NGS debido a las limitaciones de la tecnología y de la base de datos de IMGT) Alelos ambiguos
Efecto en la expresión
Causa de la ambigüedad (ubicación genómica, pos. de IMGT)
Diferencia a nivel del segundo campo
DPB1*02:01:02G+ 03:01:01G (104:01)
DPB1*124: 01+ 414:01
NO
Falta de FASE entre EXÓN 2 A/G (4882) y EXÓN 3 A/G (8930)
SÍ
DPB1*03:01:01G+ 04:01:01G
DPB1*124: 01+ 350:01
NO
Falta de FASE entre EXÓN 2 A/G (4882) y EXÓN 3 A/G (8930)
SÍ
DPB1*03:01:01G+ 04:02:01G
DPB1*351: 01+ 463:01
NO
Falta de FASE entre EXÓN 2 A/G (4882) y EXÓN 3 A/G (8930)
SÍ
DPB1*03:01:01G+ 05:01:01G
DPB1*135: 01+ 104:01
NO
Falta de FASE entre EXÓN 2 A/G (4851) y EXÓN 4 A/G (9803)
SÍ
DPB1*04:01:01G+ 13:01:01/107:01
DPB1*133: 01+ 350:01
NO
DPB1*107:01 SNP G/A (exón 1, pos. 24) y SNP C/T (exón 1, pos. 47);
SÍ
Falta de FASE entre EXÓN 2 A/G (4882) y EXÓN 3 A/G (8930) DPB1*13:01:01
DPB1*107: 01
NO
DPB1*107:01 SNP G/A (exón 1, pos. 24) y SNP C/T (exón 1, pos. 47);
SÍ
DPB1*04:02:01:02
DPB1*416: 01
NO
SNP A/G (exón 2, pos. 4728)
SÍ
Directrices para información/informe: Es decisión de cada laboratorio comunicar la información de la ambigüedad de los grupos G, o los pares de alelos específicos que son ambiguos.
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TABLA 4: Alelos que pueden presentar amplificación baja. La amplificación baja significa que el número de lecturas generadas para un alelo no es suficiente para su genotipificación. En casos extremos, es probable que el alelo no se describe en absoluto (omisión). Alelos de amplificación baja
Compensación en HLA Twin
Resolución de detección
HLA-B*51:01:02
SÍ
SÍ
HLA-DQB1*03
SÍ
SÍ1
HLA-DRB4*01:01:01:01
SÍ
SÍ2
1
Sugerencia basada en desequilibrio de ligamento (DL) con DQA1
2
Sugerencia basada en DL con DRB1
3 Lista de limitaciones conocidas para Omixon HLA Twin 2.1.3 – IMGT/HLA 3.28.0_4 3.1 Introducción Todas las limitaciones que se mencionan a continuación, excepto en la sección “Falso gen nuevo informado” se basan en observaciones informadas por los clientes de Holotype HLA o se observaron durante la validación interna y la prueba de regresión. La sección “Falso gen nuevo informado” se basa en los resultados del Estudio de Evaluación de Eficacia de Omixon, que incluye líneas celulares más homocigóticas y loci más raros o complejos en comparación con una población típica de pacientes. Tenga en cuenta que antes de finalizar el año 2016, estas observaciones de realizaron en más de 40 000 muestras de kits de Holotype HLA vendidos en todo el mundo.
Ambigüedad de HLA-DRB1*12:01 no detectada Se observaron tres casos en los que HLA-DRB1*12:01 no se informó como un resultado ambiguo junto con HLADRB1*12:10. Resultado informado por Twin
Resultado correcto
Secuenciación química
Cantidad de casos
DRB1*12:10
DRB1*12:10/ DRB1*12:01:01:01
2x150
2
DRB1*12:10
DRB1*12:10/ DRB1*12:01:01:01
2x250
1
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3.2 HLA-B*15:01 obtenido incorrectamente Se observaron dos casos en que el resultado obtenido en el Twin fue HLA-B*15:01:01:02N en lugar de HLA-B*15:01. Resultado informado por Twin
Resultado correcto
Secuenciación química
Cantidad de casos
B*15:01:01:02N
B*15:01:01:01 - (gen nuevo)
2x250
1
B*15:01:01:02N
B*15:01:01:01
2x250
1
3.3 Larga inserción nueva no detectada Se observó un solo caso en el que una larga inserción de un gen nuevo de 15 nucleótidos no se comunicó Resultado obtenido en el Twin
C*03:04:01:01/ C*03:04:01:02
Cantidad de incongruencias de exones (mismatch) comunicadas
Resultad o correcto
Cantidad de incongruencias (mismatch) de exones
Química de Secuencia ción
0
C*03:04:0 1:01 (gen nuevo)
1
2x150
3.4 Falso gen nuevo comunicado De manera poco frecuente, HLA Twin puede dar información incorrecta de genes nuevos falsos al usuario final. De 616 muestras analizadas (8624 alelosdetectados) en el grupo del Estudio de Evaluación de Eficacia de Omixon (PES, por sus siglas en inglés), se han comunicado 31 genes nuevos (0,375% sobre el total de alelos detectados). Tenga en cuenta que el grupo del PES contiene líneas celulares de referencia y loci más homocigóticos, raros o complejos en comparación con una población típica de pacientes. De estos genes nuevos, 15 se consideraron falsos y se identificó que la causa del error se corresponde con problemas de software en función de una investigación manual. Los loci con problemas de calidad evidentes (por ejemplo, desequilibrio alto) se excluyeron de la lista dado que estas no se consideran limitaciones relacionadas específicamente con los algoritmos. Tenga en cuenta que la gran mayoría de estos genes nuevos falsos pueden ser eliminados mediante la inspección manual de los resultados en Omixon HLA Twin por parte de un usuario capacitado. Los genes nuevos falsos observados fueron los siguientes:
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Resultado obtenido en el Twin
Resultad o correcto
¿Se informó el homocigoto esperado?
Química de Secuenciació n
Cantidad de casos observados
% de alelos detectados
A*68:01:02:02#1
A*68:01:02
NO
2x250
1
0.012%
B*35:01:01:01#1
B*35:01
SÍ
2x250
1
0.012%
B*53:01:01#1
B*53:01
SÍ
2x250
1
0.012%
DQB1*03:01:01: 03#1
DQB1*03: 01
SÍ
2x250
1
0.012%
DRB1*04:22#1
DRB1*04:0 7
NO
2x250
1
0.012%
DRB1*13:02:01# 1
DRB1*13:0 2
SÍ
2x250
3
0.036%
DRB1*11:01:01:0 1#1
DRB1*11:0 1
SÍ
2x250 2x150
1 1
0.024%
DRB1*04:04:01# 1
DRB1*04:0 4
NO
2x250
1
0.012%
DRB1*04:26#1
DRB1*04:2 6
NO
2x250
1
0.012%
DRB1*04:05:01# 1
DRB1*04:0 5
NO
2x250
1
0.012%
DRB1*16:01:01# 1
DRB1*16:0 1:01
SÍ
2x250
1
0.012%
DRB1*16:02:01:0 2#1
DRB1*16:0 2:01
SÍ
2x250
1
0.012%
3.5 Distinción de fases incorrecta Se observaron tres casos en los que las fases de las secuencias de consenso se distinguieron de manera incorrecta. Resultado obtenido en el Twin
Resultado correcto
Química de Secuenciación
Cantidad de casos
A*03:72+A*24:104
A*24:02+ A*03:01
2x250
1
B*40:32+B*56:25#1
B*07:02+B*50:01
2x150
1
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Resultado obtenido en el Twin
Resultado correcto
Química de Secuenciación
Cantidad de casos
DQA1*05:01:01:02#1+ DQA1*05:05:01:03#1
DQA1*05:01+ DQA1*05:05
2x150
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