La historia de Civil War parte de varios acontecimientos de otras publicaciones de Marvel, en un principio sin una conexión importante entre sí. En la serie House of M la Bruja Escarlata modifica la realidad creando un mundo utópico, y luego de restablecer la realidad original hace que casi todos los mutantes pierdan sus mutaciones. En el crossover que le sigue Diezmados, se aprecia que tras dicho cambio sólo quedan 198 mutantes en el mundo. El motivo de dicho cambio, en un principio, solamente lo conocen algunos superhéroes, hasta que SHIELD descubre su secreto. La mayor parte de dichos 198 mutantes se instala en el Instituto Xavier, junto con los X-Men. La serie Nuevos Guerreros: Todo por la audiencia presentó un relanzamiento de los Nuevos Guerreros, un grupo de superhéroes adolescentes creados en la década de los 90. En esta nueva versión el grupo participaba de un reality show para el cual perseguía a supervillanos de escasa trascendencia y los capturaba, todo lo cual era filmado y televisado. En los últimos números de la revista de Thor en el año 2004, éste confronta a unos dioses que crearían diversas versiones del Ragnarok en forma cíclica; los destruye y comienza el "sueño de los dioses", coincidiendo con el final provisorio de la publicación de su revista. La ausencia de Thor en virtud de la muerte de su padre Odín por causa de un enfrentamiento que tuvo con el demonio Surtur y el desconocimiento de los demás personajes sobre su destino es utilizada como un recurso narrativo. En Spiderman vol. 2 números 5 a 7 una comisión del Senado estadounidense inicia una discusión sobre el Acta de Registro de Superhumanos, que obligaría a todos los superhéroes a registrar sus identidades. Iron Man y Spiderman viajan a Washington y consiguen que la fecha para la aprobación del proyecto se extienda, aunque Stark lo asume como algo inevitable a largo plazo. Antes de eso, Spiderman se había unido a Los Vengadores y desarrolló un vínculo con Tony Stark, a quien veía como una figura paternal. Stark también construyó una armadura especial para Spider-Man, con la cual
Realizó: Ing. Nora de Lourdes Méndez Marrufo
F. Realización: 30-MAR-2014
Módulo. Uso de Herramientas para Aplicaciones Web
Rúbrica 1.2
reemplazó su traje habitual. Uno de los antecedentes más explícitos se da en la publicación Illuminati, que presenta un grupo conspirativo formado por Iron Man, Reed Richards, Namor, Charles Xavier, el Doctor Extraño y Rayo Negro, el cual es añadido mediante retrocontinuidad a la historia del Universo Marvel a partir de la Guerra Kree-Skrull y que habría tenido injerencia en los diversos acontecimientos que sucedieron. En la parte final de dicha publicación, situada en el mismo período temporal que las publicaciones contemporáneas, Iron Man da a conocer la existencia del proyecto de ley del Acta de Registro y solicita apoyo. Sólo Reed Richards lo apoya: el Dr. Extraño se opone, Namor y Rayo Negro se desentienden, y Xavier estuvo ausente debido a su desaparición al final de la House of M. Al justificar su postura de apoyo a la ley, Iron Man plantea como escenarios posibles situaciones que coinciden a grandes rasgos con la trama que tendría lugar en Guerra civil
Civil War cuenta la implementación y las consecuencias del Acta de Registro Sobrehumano, un proyecto de ley que requiere el registro obligatorio de cualquier persona ubicada en Estados Unidos con súper poderes. El Acta surgió debido a la presión pública para rendir cuentas a raíz de una serie de eventos relacionados con sobrehumanos causando daño y muertes significativas dentro del Universo Marvel, como un ataque en Manhattan en represalia por la Guerra Secreta de Nick Fury, y la furia de Hulk en Las Vegas que resultó en la muerte de 26 personas. Cuando la población mutante fue reducida drásticamente como consecuencia del Día-M, causado en sí por una mutante, la histeria anti-mutante causó que grupos extremistas hicieran que la mayoría de los mutantes restantes, conocidos como los 198, fueran trasladados al Instituto Xavier, y recaudaron apoyo público para el propuesto Acta.
El sentimiento público hacia los superhéroes se desplomó después de un incidente en Stamford, Connecticut, en el cual los Nuevos Guerreros, un grupo de jóvenes superhéroes y el centro de un reality show televisivo, cometieron un error intentando capturar a un grupo de supervillanos en su búsqueda de popularidad. En la lucha resultante, el villano Nitro usó sus poderes explosivos para destruir varias zonas de la ciudad, incluyendo una escuela primaria en el centro, con la consecuencia de más de 600 civiles muertos, 60 de los cuales eran niños, con sólo Speedball de los Guerreros y el propio Nitro sobreviviendo. A pesar de que muchos superhéroes de alto perfil ayudaron en las labores de ayuda y rescate, hubo una serie de ataques de venganza aislados, y el apoyo para el Acta se elevó.
La perspectiva del registro dividió a la comunidad sobrehumana a la mitad, con Tony Stark, el superhéroe Iron Man quien había intentado previamente detener el Acta, convirtiéndose en el líder pro-registro, y el Capitán América liderando el grupo anti-registro. Iron Man, con el Sr. Fantástico y Henry Pym, argumenta que el cambiante panorama político significa que
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resistirse a la ley es inútil, y que es razonable para los héroes tener la capacitación y la supervisión adecuadas, mientras que el Capitán América, con Luke Cage y Falcon, argumenta que los héroes requieren secretismo con el fin de proteger aspectos de sus vidas 'normales', como cónyuges e hijos, y permitirles actuar en todos los medios necesarios contra amenazas que los servicios de emergencia ordinarios no puedan hacerles frente. Aunque nominalmente es una agencia de las Naciones Unidas, S.H.I.E.L.D. asume el peso de hacer cumplir el Acta bajo la directora interina Maria Hill.
Los Vengadores Secretos y sus aliados llegan a la Isla Penitenciaria de Riker. Traicionados por Tigra, ellos se encuentran con Iron Man y las fuerzas pro-registro, y un número de supervillanos que están siendo controlados por nanites. Hulkling usa su poder de cambiar de forma para asumir el papel de Henry Pym y liberar a los héroes encarcelados, llevando a una batalla campal entre ambos bandos. Durante la pelea, Cloak teletransporta la batalla al centro de la ciudad de Nueva York, donde las fuerzas pro-registro son acompañadas por el reparado clon de Thor y el Capitán Marvel, y Namor dirige un ejército de Atlantes para ayudar a los Vengadores Secretos. El Capitán América se concentra en Iron Man, cuya armadura ha sido comprometida por Visión II. Cuando el Capitán América está a punto de dar el golpe final, varios miembros del personal de servicios de emergencia sin superpoderes lo detienen. Deseando evitar más daños a la propiedad y derramamiento de sangre, el Capitán América se rinde, marcando el final de la Guerra Civil. Dos semanas después, la Iniciativa de los 50 Estados es lanzada, y los Poderosos Vengadores son unidos como equipo. Tony Stark es nombrado Director de S.H.I.E.L.D., y Maria Hill es relegada a subdirectora. Algunos héroes se trasladan a Canadá, mientras que otros permanecen bajo tierra, como los Nuevos Vengadores. Muchos de los Vengadores Secretos reciben amnistía por parte del gobierno, mientras que el Capitán América permanece en la cárcel. Más tarde, el Capitán América es asesinado a tiros por Calavera y Sharon Carter (ésta última hipnotizada por el Doctor Fausto) fuera del palacio de justicia, en el día de su acusación. El Capitán América será revivido en Captain América: Reborn.